یكی از مسائل مهم و پیچیده در تاریخ و علوم قرآن، تفسیر معانی حروف مقطعه است كه از دیرباز نظر محققان تفسیر و علوم قرآنی را به خود مشغول ساخته و اقوال مختلفی (29 نظریه) پیرامون آن بیان گشته است. مهمترین این اقوال عبارتاند از:
1. این حروف اشاره با اسامی رموز است.
2. این حروف اشاره به اسامی قرآن است.
3. حروف مقطعه اشاره به اسامی خداوند است.
4. هر حرفی از این حروف دلالت بر اسمی از خداوند و یا صفات او دارد.
5. بعضی از حروف دلالت بر اسم خداوند و بعضی دلالت بر اسامی پیامبر(ص) دارد.
6. این حروف جزء قرآن نیست و به مرور زمان به قرآن اضافه شده است. این نظریه برخی از مستشرقان مانند تئودور نولدكه است كه به شدت مورد اعتراض قرار گرفته، زیرا مستلزم تحریف قرآن میباشد.
7. این حروف رمزی بین خداوند و پیامبر(ص) است.
علامه طباطبایی(ره) بعد از آنكه سیاق این حروف را با سورهای كه در آن حروف مقطعه به كار رفته است یكی میداند، میفرماید: این حروف رمزی بین خداوند و پیامبر(ص) است.
ملاصدرای شیرازی آورده است:
ومعنی الحروف المجمل وهی الحروف المقطعة القرآنیة والكلمات التامات المفردة وبعدها الكلمات المركبة الفرقانیة، فان العنایة الربانیة لما تعلّقت بتربیة الارواح العالیة افاد لهم رزقهم من ألبان ضروع الملكوت والجنان وأذاق لهم من لطائف الرحمة والرضوان أغذیة روحانیة فی كسوة الحروف المفردة علی طریقة الرمز والاشارة الی مقاصد اهل البشارة لئلاً یطّلع علیها الاغیار... .
.....